AACCA Consulting VietnamKế toán · Thuế · Doanh nghiệpTư vấn miễn phí
ThuếACCA Insights · ACCA Consulting Vietnam

Thuế GTGT hàng nhập khẩu: khấu trừ dựa trên chứng từ nào?

Bộ chứng từ để khấu trừ thuế GTGT khâu nhập khẩu, trường hợp uỷ thác, thời điểm kê khai và lỗi thiếu chứng từ.

Thuế GTGT hàng nhập khẩu: khấu trừ dựa trên chứng từ nào? – ACCA Consulting Vietnam
Nội dung bài viết
  1. Thuế GTGT hàng nhập khẩu khác gì thuế đầu vào trong nước
  2. Bộ chứng từ để khấu trừ
  3. Trường hợp uỷ thác nhập khẩu
  4. Thời điểm kê khai khấu trừ
  5. Ví dụ minh hoạ và lỗi thường gặp
  6. Câu hỏi thường gặp

Khi nhập khẩu, doanh nghiệp nộp thuế GTGT ngay tại khâu thông quan. Số thuế này có thể được khấu trừ, nhưng không dựa trên hoá đơn như mua hàng trong nước. Bài viết của ACCA Consulting Vietnam giải thích thuế GTGT hàng nhập khẩu được khấu trừ dựa trên chứng từ nào và những lỗi khiến doanh nghiệp mất quyền khấu trừ.

1. Thuế GTGT hàng nhập khẩu khác gì thuế đầu vào trong nước

Mua hàng trong nước, căn cứ khấu trừ là hoá đơn GTGT của người bán. Với hàng nhập khẩu, người bán ở nước ngoài không xuất hoá đơn Việt Nam. Thuế GTGT được cơ quan hải quan tính trên tờ khai và doanh nghiệp nộp vào ngân sách. Vì vậy, căn cứ khấu trừ là chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, đi kèm tờ khai hải quan.

So sánh căn cứ khấu trừ
Tiêu chíMua trong nướcNhập khẩu
Căn cứ khấu trừHoá đơn GTGT của người bánChứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu
Người tính thuếNgười bánCơ quan hải quan trên tờ khai
Hồ sơ đi kèmHợp đồng, phiếu nhậpTờ khai hải quan, hợp đồng ngoại thương, invoice, vận đơn
Điều kiện thanh toánKhông dùng tiền mặt từ 5 triệu đồngThanh toán qua ngân hàng cho bên bán nước ngoài

2. Bộ chứng từ để khấu trừ

Hồ sơ mỗi lô hàng nhập khẩu
  • Tờ khai hải quan đã thông quan, đúng tên và mã số thuế doanh nghiệp.
  • Chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu (giấy nộp tiền hoặc chứng từ điện tử của ngân hàng, kho bạc).
  • Hợp đồng ngoại thương, hoá đơn thương mại (commercial invoice), danh sách đóng gói.
  • Vận đơn và chứng từ vận chuyển, bảo hiểm nếu có.
  • Chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho nhà cung cấp nước ngoài.
  • Phiếu nhập kho khớp số lượng trên tờ khai.

Luật Thuế GTGT 2024 (hiệu lực 01/07/2025) đặt ngưỡng 5 triệu đồng cho yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt. Với hàng nhập khẩu, giá trị lô hàng thường lớn hơn nhiều, nên chứng từ chuyển tiền quốc tế là phần không thể thiếu. Nếu thanh toán trả chậm, cần có hợp đồng ghi rõ thời hạn và theo dõi đến khi thanh toán thực tế. Chi tiết ở bài thanh toán không dùng tiền mặt để khấu trừ GTGT.

3. Trường hợp uỷ thác nhập khẩu

Khi doanh nghiệp A uỷ thác cho doanh nghiệp B nhập khẩu, tờ khai và chứng từ nộp thuế đứng tên bên nhận uỷ thác. Theo quy định hiện hành, việc bên uỷ thác kê khai khấu trừ thuế GTGT khâu nhập khẩu dựa trên hoá đơn, chứng từ do bên nhận uỷ thác lập khi trả hàng, cùng chứng từ nộp thuế liên quan. Cách lập cụ thể cần đối chiếu văn bản về hoá đơn hiện hành.

Với hàng nhập khẩu, chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu thay vai trò của hoá đơn GTGT đầu vào.
Với hàng nhập khẩu, chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu thay vai trò của hoá đơn GTGT đầu vào.

4. Thời điểm kê khai khấu trừ

Dòng thời gian một lô hàng nhập khẩu
  • Ký hợp đồng

    Thống nhất điều kiện giao hàng, phương thức thanh toán qua ngân hàng.

  • Đăng ký tờ khai

    Hải quan tính thuế nhập khẩu, thuế GTGT trên tờ khai.

  • Nộp thuế, thông quan

    Lưu chứng từ nộp thuế ngay khi hoàn tất.

  • Kê khai khấu trừ

    Kê vào tờ khai GTGT kỳ có chứng từ nộp thuế.

  • Thanh toán cho bên bán

    Lưu chứng từ chuyển tiền quốc tế vào hồ sơ lô hàng.

Nếu bỏ sót chứng từ nộp thuế của một kỳ, doanh nghiệp có thể kê khai bổ sung theo quy định hiện hành, xem bài hoá đơn đầu vào bỏ sót kê khai kỳ nào.

5. Ví dụ minh hoạ và lỗi thường gặp

Ví dụ minh hoạ: lô hàng có trị giá tính thuế 800 triệu đồng, thuế nhập khẩu giả định 40 triệu đồng. Giá tính thuế GTGT giả định gồm trị giá và thuế nhập khẩu, thuế suất giả định 10%.

Cấu thành số thuế của một lô hàng (ví dụ minh hoạ)
Trị giá tính thuế800.000.000đ
Thuế nhập khẩu (giả định)40.000.000đ
Thuế GTGT 10% (giả định)84.000.000đ

Ví dụ minh hoạ. Thuế suất, cách xác định trị giá và các loại thuế khác theo quy định hiện hành cho từng mặt hàng.

Xem dạng bảng
Trị giá tính thuế800.000.000đ
Thuế nhập khẩu (giả định)40.000.000đ
Thuế GTGT 10% (giả định)84.000.000đ

Trong ví dụ, 84 triệu đồng thuế GTGT là số doanh nghiệp đã nộp và được khấu trừ nếu đủ điều kiện. Mất chứng từ nộp thuế hoặc không chứng minh được thanh toán cho bên bán có thể khiến khoản này bị loại.

  1. Chứng từ nộp thuế do đại lý hải quan giữ, không bàn giao cho kế toán.
  2. Tờ khai hải quan ghi sai tên, mã số thuế, không khớp với đơn vị kê khai.
  3. Kê khai theo invoice của bên bán thay vì số thuế thực nộp trên chứng từ.
  4. Không theo dõi thanh toán trả chậm, đến hạn chưa trả mà vẫn giữ số khấu trừ.
Doanh nghiệp nhập khẩu thường xuyên nên có một hồ sơ cho từng lô hàng. Khách hàng dịch vụ kế toán TP.⁠HCM của ACCA Consulting Vietnam được đối chiếu tờ khai hải quan, chứng từ nộp thuế và thanh toán quốc tế trước mỗi kỳ khai GTGT.
Quy định thuế thay đổi thường xuyên. Nội dung cập nhật đến 10/2026; hãy liên hệ ACCA để được kiểm tra theo trường hợp cụ thể của doanh nghiệp.

Câu hỏi thường gặp

Khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu dựa vào invoice của bên bán được không?

Không. Commercial invoice của bên bán nước ngoài không phải hoá đơn GTGT. Căn cứ khấu trừ là chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu kèm tờ khai hải quan.

Uỷ thác nhập khẩu thì ai được khấu trừ?

Theo quy định hiện hành, bên uỷ thác kê khai dựa trên hoá đơn, chứng từ bên nhận uỷ thác lập khi trả hàng cùng chứng từ nộp thuế. Hợp đồng uỷ thác nên ghi rõ trách nhiệm bàn giao chứng từ.

Chưa thanh toán cho bên bán nước ngoài có được khấu trừ không?

Với hàng trả chậm, doanh nghiệp cần có hợp đồng ghi rõ thời hạn thanh toán và chứng từ thanh toán qua ngân hàng khi đến hạn. Nên kiểm tra quy định hiện hành về xử lý khi quá hạn chưa thanh toán.

ACCA Consulting Vietnam có hỗ trợ kế toán cho doanh nghiệp nhập khẩu không?

Có. ACCA Consulting VN theo dõi hồ sơ từng lô hàng, đối chiếu tờ khai hải quan với chứng từ nộp thuế và kê khai khấu trừ đúng kỳ.

Hồ sơ nhập khẩu rõ, khấu trừ đủ

ACCA Consulting Vietnam cung cấp dịch vụ kế toán trọn gói cho doanh nghiệp thương mại, nhập khẩu và FDI. Nhận tư vấn hoặc xem máy tính báo giá.

Nhận tư vấn miễn phíZaloWhatsApp
A
Đội ngũ ACCA Consulting Vietnam

Bài viết do đội ngũ chuyên viên kế toán –⁠ thuế của ACCA Consulting Vietnam (MST 0316119996, TP.⁠HCM) biên soạn từ kinh nghiệm thực tế phục vụ doanh nghiệp Việt Nam và FDI. Nội dung mang tính tham khảo; hãy liên hệ để được tư vấn theo trường hợp cụ thể.

Thuế