AACCA Consulting VietnamKế toán · Thuế · Doanh nghiệpTư vấn miễn phí
Rà soátACCA Insights · ACCA Consulting Vietnam

Kiểm tra sau thông quan: doanh nghiệp nhập khẩu cần chuẩn bị gì?

Checklist hồ sơ, nội dung hay bị điều chỉnh và cách chuẩn bị cho một đợt kiểm tra sau thông quan.

Kiểm tra sau thông quan: doanh nghiệp nhập khẩu cần chuẩn bị gì? – ACCA Consulting Vietnam
Nội dung bài viết
  1. Kiểm tra sau thông quan là gì?
  2. Các nội dung hay bị điều chỉnh
  3. Checklist hồ sơ cần chuẩn bị
  4. Timeline một đợt kiểm tra sau thông quan
  5. Chi phí của việc phát hiện muộn
  6. Cách chuẩn bị để không bị động
  7. Câu hỏi thường gặp

Hàng đã thông quan chưa có nghĩa là hồ sơ đã khép lại. Khi nhận thông báo kiểm tra sau thông quan, doanh nghiệp nhập khẩu cần trình được hợp đồng, chứng từ thanh toán, định mức và sổ kế toán khớp với tờ khai. Bài viết của ACCA Consulting Vietnam đưa ra checklist hồ sơ, nội dung hay bị điều chỉnh và timeline một đợt kiểm tra.

1. Kiểm tra sau thông quan là gì?

Kiểm tra sau thông quan là việc cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan, sổ kế toán, chứng từ và các tài liệu liên quan sau khi hàng hoá đã được thông quan, nhằm đánh giá tính chính xác, trung thực của nội dung đã khai báo. Hoạt động này có thể diễn ra tại trụ sở cơ quan hải quan hoặc tại trụ sở doanh nghiệp, trong thời hạn theo quy định hiện hành.

Điểm khác biệt so với kiểm tra lúc làm thủ tục: cơ quan hải quan nhìn được toàn bộ bức tranh trong nhiều năm, gồm dòng tiền thanh toán, sổ kế toán, hợp đồng bản quyền, hợp đồng đại lý. Vì vậy, những khoản không thể hiện trên tờ khai nhưng có trên sổ sách thường bị phát hiện ở bước này.

2. Các nội dung hay bị điều chỉnh

Nội dung thường được kiểm tra và tài liệu đối chiếu
Nội dungRủi ro thường gặpTài liệu cơ quan hải quan hay yêu cầu
Trị giá hải quanThiếu phí bản quyền, hoa hồng, cước vận tảiHợp đồng, chứng từ thanh toán, sổ chi phí
Mã HSPhân loại sai dẫn đến sai thuế suấtCatalogue, tài liệu kỹ thuật, mẫu hàng
Xuất xứ, ưu đãi FTAC/O không hợp lệ, không đáp ứng quy tắc xuất xứC/O, vận tải đơn, chứng từ lô hàng
Định mức gia công, sản xuất xuất khẩuĐịnh mức thực tế khác định mức khai báoĐịnh mức, phiếu xuất kho, báo cáo quyết toán
Hàng miễn thuế, tạm nhậpSử dụng sai mục đích, không tái xuất đúng hạnDanh mục miễn thuế, sổ tài sản, biên bản

Chi tiết từng nhóm, xem các bài trị giá hải quan và áp mã HS sai.

3. Checklist hồ sơ cần chuẩn bị

Hồ sơ cho buổi kiểm tra sau thông quan
  • Danh sách tờ khai trong giai đoạn kiểm tra, có đối chiếu với sổ kế toán.
  • Hợp đồng ngoại thương, phụ lục, đơn đặt hàng của từng lô.
  • Hoá đơn thương mại, vận tải đơn, chứng từ bảo hiểm.
  • Chứng từ thanh toán qua ngân hàng, đối chiếu công nợ với nhà cung cấp nước ngoài.
  • Hợp đồng bản quyền, đại lý, dịch vụ nước ngoài và chứng từ trả phí.
  • C/O và chứng từ xuất xứ đã nộp.
  • Định mức, báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư (với loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu).
  • Sổ kế toán chi tiết hàng tồn kho, giá vốn, chi phí liên quan hàng nhập.
Hồ sơ được sắp xếp theo từng tờ khai giúp buổi làm việc diễn ra nhanh và rõ ràng.
Hồ sơ được sắp xếp theo từng tờ khai giúp buổi làm việc diễn ra nhanh và rõ ràng.

4. Timeline một đợt kiểm tra sau thông quan

Diễn biến thường gặp (ví dụ minh hoạ, thời gian thực tế theo quyết định và quy định hiện hành)
  • Nhận thông báo, quyết định

    Đọc kỹ phạm vi, giai đoạn, nội dung kiểm tra; phân công người đầu mối.

  • Chuẩn bị hồ sơ

    Tập hợp tài liệu theo checklist, tự rà chênh lệch trước.

  • Buổi làm việc

    Giải trình, cung cấp tài liệu bổ sung theo yêu cầu, ghi biên bản.

  • Dự thảo kết luận

    Xem xét kỹ số liệu, gửi ý kiến giải trình nếu chưa đồng ý.

  • Kết luận, quyết định

    Thực hiện nộp thuế, tiền chậm nộp hoặc các thủ tục tiếp theo.

Theo kinh nghiệm của ACCA Consulting Vietnam, doanh nghiệp thường mất nhiều thời gian nhất ở khâu tìm chứng từ thanh toán cũ và giải thích các khoản chi cho nhà cung cấp nước ngoài không ghi rõ nội dung. Hãy bắt đầu đối chiếu ngay khi nhận thông báo.

5. Chi phí của việc phát hiện muộn

Tiền chậm nộp được tính 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp, nên số thuế thiếu càng để lâu thì chi phí càng lớn. Ví dụ dưới đây giả định số thuế bị điều chỉnh tăng là 100 triệu đồng.

Tiền chậm nộp trên 100 triệu đồng thuế thiếu theo số ngày (ví dụ minh hoạ, triệu đồng)
180 ngày5,4 triệu
365 ngày10,9 triệu
730 ngày21,9 triệu
1.095 ngày32,9 triệu

Ví dụ minh hoạ: tiền chậm nộp = 100 triệu × 0,03% × số ngày. Chưa gồm tiền phạt vi phạm hành chính (nếu có) theo quy định hiện hành.

Xem dạng bảng
180 ngày5,4 triệu
365 ngày10,9 triệu
730 ngày21,9 triệu
1.095 ngày32,9 triệu

Vì vậy, nếu tự rà soát và phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên cân nhắc khai bổ sung theo quy định trước khi có quyết định kiểm tra. Xem thêm bài khai bổ sung khi có quyết định kiểm tra.

6. Cách chuẩn bị để không bị động

Chuẩn bị định kỳ
  1. 1Lưu hồ sơ theo tờ khai

    Mỗi tờ khai một bộ: hợp đồng, hoá đơn, vận đơn, thanh toán, C/O.

  2. 2Đối chiếu hằng quý

    Khớp tờ khai với sổ kho, công nợ nhà cung cấp và sao kê ngân hàng.

  3. 3Rà khoản chi nước ngoài

    Xem khoản nào có thể liên quan đến trị giá hải quan.

  4. 4Tự kiểm tra hằng năm

    Rà soát mẫu một số tờ khai lớn, ghi nhận và xử lý chênh lệch.

ACCA Consulting Vietnam hỗ trợ doanh nghiệp nhập khẩu đối chiếu tờ khai với sổ kế toán, sắp xếp hồ sơ và ước tính tác động thuế trước buổi làm việc. Dịch vụ kế toán TP.⁠HCM, làm việc từ xa toàn quốc; xem dịch vụ kế toán giá rẻ, minh bạch, dịch vụ kế toán trọn gói hoặc nhận tư vấn.
Quy định thuế thay đổi thường xuyên. Nội dung cập nhật đến 10/2026; hãy liên hệ ACCA để được kiểm tra theo trường hợp cụ thể của doanh nghiệp.

Câu hỏi thường gặp

Kiểm tra sau thông quan có thể kiểm tra lại tờ khai từ mấy năm trước?

Cơ quan hải quan được kiểm tra trong thời hạn theo quy định hiện hành của pháp luật hải quan, tính từ ngày đăng ký tờ khai. Doanh nghiệp nên lưu hồ sơ đầy đủ ít nhất trong suốt thời hạn này và theo thời hạn lưu trữ chứng từ kế toán.

Doanh nghiệp có quyền giải trình khi không đồng ý kết luận không?

Có. Doanh nghiệp có quyền giải trình, cung cấp thêm tài liệu và thực hiện khiếu nại theo quy định nếu không đồng ý với kết luận, quyết định của cơ quan hải quan.

Bị truy thu thuế nhập khẩu thì có bị tính tiền chậm nộp không?

Thường có. Tiền chậm nộp tính 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp, ngoài ra có thể bị xử phạt vi phạm hành chính tuỳ hành vi theo quy định hiện hành.

ACCA Consulting Vietnam có hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ kiểm tra sau thông quan không?

Có. ACCA Consulting VN hỗ trợ đối chiếu sổ kế toán với tờ khai, sắp xếp chứng từ và ước tính tác động thuế. Việc làm việc trực tiếp với cơ quan hải quan do doanh nghiệp thực hiện, chúng tôi chuẩn bị số liệu và giải trình kế toán.

Sẵn sàng trước khi hải quan gõ cửa

ACCA Consulting Vietnam rà soát mẫu tờ khai, đối chiếu sổ sách và chỉ ra điểm cần xử lý trước khi kiểm tra sau thông quan.

Nhận tư vấn miễn phíZaloWhatsApp
A
Đội ngũ ACCA Consulting Vietnam

Bài viết do đội ngũ chuyên viên kế toán –⁠ thuế của ACCA Consulting Vietnam (MST 0316119996, TP.⁠HCM) biên soạn từ kinh nghiệm thực tế phục vụ doanh nghiệp Việt Nam và FDI. Nội dung mang tính tham khảo; hãy liên hệ để được tư vấn theo trường hợp cụ thể.

Rà soát