Phương pháp khấu trừ hay trực tiếp: doanh nghiệp nhỏ chọn thế nào?

Startup và doanh nghiệp nhỏ thường thắc mắc nên theo phương pháp khấu trừ hay trực tiếp. Phương pháp tính thuế GTGT ảnh hưởng đến số thuế phải nộp, loại hoá đơn xuất cho khách và khả năng bán hàng cho khách doanh nghiệp. ACCA Consulting Vietnam so sánh hai phương pháp qua case 2 công ty cùng doanh thu nhưng khác cơ cấu chi phí.

1. Hai phương pháp tính thuế GTGT là gì?

Phương pháp khấu trừ: thuế phải nộp bằng thuế GTGT đầu ra trừ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Doanh nghiệp lập hoá đơn GTGT, ghi rõ thuế suất 0%, 5% hoặc 10% (hoặc 8% với nhóm được giảm đến hết 31/12/2026).

Phương pháp trực tiếp: thuế phải nộp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu, tỷ lệ do pháp luật quy định theo từng nhóm ngành nghề (hoặc tính trên giá trị gia tăng với một số hoạt động đặc thù). Doanh nghiệp lập hoá đơn bán hàng, không tách dòng thuế GTGT.

Việc doanh nghiệp thuộc phương pháp nào phụ thuộc vào doanh thu, việc thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ và trường hợp đăng ký tự nguyện, theo quy định hiện hành. Doanh nghiệp không tự do chọn tuỳ ý mà cần đáp ứng điều kiện tương ứng.

2. Case 2 công ty cùng doanh thu

Ví dụ minh hoạ: hai công ty giả định cùng doanh thu năm 3 tỷ đồng (chưa thuế, thuế suất 10%). Công ty X kinh doanh thương mại, hàng mua vào chiếm 80% doanh thu. Công ty Y làm dịch vụ thiết kế, mua vào chỉ chiếm 20%. Với phương pháp trực tiếp, giả định tỷ lệ 3% trên doanh thu chỉ để minh hoạ phép tính, không phải tỷ lệ luật định cho ngành của bạn.

Kết luận từ ví dụ: doanh nghiệp có tỷ trọng đầu vào cao (thương mại) thường có lợi về số thuế khi theo phương pháp khấu trừ. Doanh nghiệp dịch vụ có ít đầu vào có thể thấy phương pháp trực tiếp nộp ít hơn trên giấy. Tuy nhiên, số thuế chỉ là một yếu tố.

3. Khả năng bán hàng cho khách doanh nghiệp

Đây là điểm nhiều startup bỏ qua. Khi bạn theo phương pháp trực tiếp và xuất hoá đơn bán hàng, khách hàng doanh nghiệp không có thuế GTGT đầu vào để khấu trừ. Với họ, toàn bộ giá trả cho bạn trở thành chi phí, nên báo giá của bạn kém cạnh tranh hơn so với nhà cung cấp xuất hoá đơn GTGT.

4. Thủ tục đăng ký tự nguyện phương pháp khấu trừ

Doanh nghiệp chưa thuộc diện bắt buộc áp dụng phương pháp khấu trừ có thể đăng ký tự nguyện nếu thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định hiện hành. Mẫu hồ sơ, thời điểm nộp và kỳ bắt đầu áp dụng cần kiểm tra theo văn bản hiện hành, nhất là sau khi Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/07/2026.

5. Sai lầm khi chọn phương pháp tính thuế GTGT

• Chỉ so số thuế phải nộp mà bỏ qua nhu cầu hoá đơn GTGT của khách doanh nghiệp.
• Theo phương pháp khấu trừ nhưng không giữ được hoá đơn, chứng từ đầu vào, dẫn đến nộp thuế trên toàn bộ đầu ra.
• Không đánh giá lại khi mô hình kinh doanh thay đổi, ví dụ từ dịch vụ sang thương mại.
• Quên điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt với hoá đơn từ 5 triệu đồng, xem các trường hợp dễ sai.

Khi đã theo phương pháp khấu trừ, hãy rà hoá đơn đầu vào theo checklist 5 điều kiện khấu trừ mỗi kỳ.

Câu hỏi thường gặp